Le 15 octobre 1987, Thomas Sankara fut assassiné lors d'un coup d'État organisé par celui qui était considéré comme son frère, Blaise Compaoré. Plusieurs jours plus tard, il fut déclaré « décédé de mort naturelle » par un médecin militaire. L'absence de tout procès ou de toute enquête de la part du gouvernement burkinabé a été condamnée en 2006 par le Comité des droits de l’homme des Nations unies (voir Haut-Commissariat des Nations unies aux droits de l'homme)6. Par ailleurs, le gouvernement français de l'époque (cohabitation entre Jacques Chirac qui gouverne et François Mitterrand qui préside) est soupçonné d'avoir joué un rôle dans cet assassinat, ainsi que plusieurs autres gouvernements africains gouvernés par des amis de la France7,4. Kadhafi pourrait être impliqué et avoir utilisé ce meurtre pour redevenir un ami de la France. C'est notamment la famille Sankara, réfugiée en France, qui soutient ces hypothèses. Cette hypothèse est aussi soutenue par la plupart des historiens africains8,4. Fin 1986, il avait attaqué la France de la cohabitation devant les caméras en présence de François Mitterand pour avoir accueilli Pieter Botha, le premier ministre d'Afrique du Sud, et Jonas Savimbi chef de l'UNITA, l'un et l'autre "couverts de sang des pieds jusqu'à la tête".9 Si la décision de condamner l'absence d'enquête constitue une première mondiale dans la lutte contre l'impunité, elle est insuffisante, puisqu'elle n'a conduit à aucune condamnation.
il signe son arrêt de mort en voulant servir l... par non-merci